Du kannst mal versuchen die Datei 50DocRoot von
/etc/e-smith/templates/etc/httpd/conf/httpd.conf
nach
/etc/e-smith/templates-custom/etc/httpd/conf
zu kopieren, dann werden die Daten darin nicht bei einem Update überschrieben, allerdings kann man da nur das Default DOCUMENT_ROOT einstellen.
Ich hatte mal eine Lösung die eleganter war und für jedes Ibay anpassbar leider finde ich die nicht mehr

Habe gerade nachgesehen es scheint sich um ein Problem des SME7 zu handeln, denn in der /etc/e-smith/templates/etc/httpd/conf/httpd.conf/VirtualHosts/20IbayContent
steht:
$OUT = "";
my $ibay = $virtualHostContent;
my $basedir = "/home/e-smith/files/ibays/$ibay";
my $cgiBin = $accounts->get_prop($ibay, "CgiBin") || "";
$OUT .= " DocumentRoot $basedir/html\n";
Also müßte eigentlichd as Dokumenten Root automatisch richtig gesetzt werden,w arum das nicht so ist?