Se puoi tenere fermo il server durante la copia puoi aggiungere un secondo hard disk (nel caso fosse uguale saresti anche facilitato), fai il boot con qualsiasi distribuzione live (knoppix forse il meglio per riconoscimento hardware) e da una shell esegui il comando (supponendo che il secondo hard disk sia canale secondario-master)
dd if=/dev/hda of=/dev/hdc