Prova a guardare il log di mldonkey che dovrebbe essere nella cartella /home/.mldonkey/ , magari trovi il motivo di questo problema.
Per rimuovere il programma puoi usare yum remove *nome_pacchetto* ma perderesti i file temporanei, dovresti prima copiarli da qualche parte e poi rimetterli al loro posto dopo la reinstallazione, non l'ho mai provato ma dovrebbe funzionare così.