En primer lugar NUNCA DEBERIAS HABER USADO EL USUARIO ROOT!!!
Disculpa el énfasis, pero es para que quede claro.
Para ello creas una base de datos XXXX y ademas un usuario ZZZZ. Luego a este usuario les das todos los permisos para que SOLO pueda emplear la base da datos XXXX.
Para solucionar tu inconveniente ejecuta estas ordenes en tu consola:
/sbin/e-smith/signal-event post-upgrade
/sbin/e-smith/signal-event reboot
Luego de que reinicie el servidor, remueve phpmyadmin ejecuntando:
rpm -e --nodeps e-smith-phpmyadmin
si es que es el nombre del phpmyadmin que tú tengas instalado.
Luego instálalo nuevamente.
Con esto debiera funcionar
Si tienes otra duda, busca un post en este foro en español, donde claramente están descriptas algunas cosas que quizas tu no sepas.