Ce n'est pas un question de Linux en général mais de la façon particulière dont SME gère les paramètres de configuration.
Imagine que tu veuilles modifier le fichier de configuration du serveur http. Il s'agit du fichier /etc/httpd.conf. Tu peux le modifier à la main en ligne de commande. Tu peux aussi indirectement le modifier par l'interface web d'administration de SME (le server-manager). Résultat, chacun veut écrire dans le même fichier et se marche dessus. SME a prévu un mécanisme pour éviter ça à l'aide des templates. Personne n'écrit directement dans /etc/httpd.conf mais chacun (le server-manager, les contributions, toi-même...) écrit dans un fichier particulier et SME se charge de fusionner le tout.
Après, la façon de procéder va dépendre de ce que tu veux faire dans le fichier de paramètres à modifier. Si c'est juste ajouter des lignes, c'est très facile. Il faut juste créer un fichier dans custom-templates avec les lignes en question. Si tu veux remplacer des lignes existantes, c'est plus compliqué (surtout je ne l'ai jamais fait

) car il faut faire en sorte qu'au moment de la fusion, tes lignes soient prioritaires sur les autres.
Explications plus détaillées:
http://smeserver.fr/templates.phpL'avantage de ce système, c'est que si tu décides de supprimer tes modifications, tu n'as pas à retourner dans le fichier de configuration général et supprimer tes lignes une à une, tu te contentes de supprimer ton fichier dans custom-templates et tout revient dans l'ordre.