Non ci ho lavorato molto, ma da quel poco che ho visto non ho concluso nulla.
Settando
echo 1 > /proc/sys/vm/block_dump
si vede chiaramente un accesso in lettura da parte di BLKID subito dopo la messa in standby che risveglia l'hard disk.
Ho iniziato a sospettare di UDEV o HAL...
HAL in teoria non dovrebbe fare polling, salvo bachi:
# hal-disable-polling --device /dev/sdc
The given drive don't use removable media so it's not polled anyway.
A tempo perso mi guardo le regole di udev (ne sono cambiate tante da SME8 a SME9) ma e' un campo minato, sia per la complessita' sia per le possibili conseguenze.