Problema è capire chi si collega a cosa attraverso il proxy di SME, forse Sarg sarebbe più utile (era installato su IpCop, la mia prima esperienza con distro linux) ma webalizer sembra faccia più grafici...
se ti serve sapere chi va dove allora sarg è decisamente più indicato di webalizer, anche perchè non capisco a cosa ti servano i grafici

ricorda che comunque il monitoraggio di dove vanno gli utenti tramite internet è illegale secondo lo statuto dei lavoratori e la legge sulla privacy.. in termini generici, tu puoi sapere quanto navigano, eventualmente anche DOVE si collegano, ma mentre il primo dato è generico e lo puoi eventualmente contestare, il secondo no.
se sei/siete preoccupati che qualcuno vada a vedere siti non propriamente professionali allora è meglio agire "a priori" installando squidguard o dansguardian e limitando le possibilità..
per quanto riguarda il come mantenere le impostazioni su sme, le parole magiche sono "template" e "db"
se non te la cavi male con l'inglese trovi tutto sul manuale dei developer
http://wiki.contribs.org/SME_Server:Documentation:Developers_ManualCiao
Stefano