Hi,
Zu Frage 1.
Auf moderner Hardware dürfte sich das nicht bemerkbar machen, entscheidender ist da der RAID Level und, bei Hardware RAID, welche Hardware, ein Cache SCSI Raid Kontroller mit SCSI Platten bringt natürlich schon merkliche Vorteile, dafür im negativen Sinn auch aus Sicht der Kosten

Zu Frage 2.
Würde auf alle Fälle einen 64 Bit Prozessor vorziehen, auch wenn SME7 ein 32 Bit BS ist, so merkt man doch einen 64er Prozessor vor allem wenn es um große Dateien geht, außerdem liegen die im Stromverbrauch und in der Wärmeentwicklung meißt merklich unter dem der 32 Bittern.
Zu Frage 3.
Kann man Pauschal nicht beantworten, kommt auf die Umstände, die Kliente BS'e usw. an, insgesamt dürften die Geschwindikeitvorteile eher beim SME7 liegen, muss er doch keine grafische Oberfläche und andere Sachen 'mitversorgen' , aber unter bestimmten Unständen kann es sein das der W2K Server schneller ist, was auch schon mal an besser gemachten Treibern für die Netzwerkkarten liegen kann.
Zu Frage 4 Keine Ahnung

Ein Aspekt der oft unterschätzt wird, sind die Netzwerkkarten und Switch/Hubs, da nicht jeder Linux Netzwerkkartentreiber für 1000er Karten gleich gut gemacht ist und es auch bei der Switch/Hub Hardware größere Unterschiede gibt, rentiert es sich auf alle Fälle mal verschiedene Giga Ethernet Adapter auszuprobieren.
Ich habe zwar keine genauen Messungen aber rein subjektiv möchte ich sagen das 8169er Realtec Chip Karten bisschen besser Ergebnisse bringen als die D-Link Karten mit dem Marvell Chipsatz.