Hola Carlos
Te respondo entre lineas.
tome la desicion de probar Linux
Me alegro que así lo hayas hecho, pero debo recordarte que ésta es una distribución de linux orientada a servidores, por este motivo no vas a contar con una interface gráfica, que por otro lado no tiene ningun sentido consumir valiosos recursos en ello para un servidor.
En primer lugar te recomiendo que empieces leyendo el manual, puesto que nadie va a poder explicarte todo por aqui, pero sí solventar las dudas.
1) Como copia la pagina web del CD rom o dispositivo USB (donde la almacene para transferirla ) al directorio donde debe estar instalado?
Puedes hacer montando el cdrom desde la linea de comandos (consola) con:
mount /media/cdrom
Alli puedes abrir entonces el mc (Midnight Commander) y copiar desde el CDrom que esta en /media/cdrom al directorio html que desees.
Para poder abrir el cdrom debes desmontarlo ejecutando lo mismo, pero en este caso umount
2) En cual directorio debe estar copiada la Pagina ?
Si solo tienes la ibay primaria, debes copiarla en /home/e-smith/files/ibays/Primary/html
3) Se deben cambiar los permisos del directorio para poder copiarla ? que permisos se le debe dar al directorio una vez este en produccion el servidor.
No es necesario ya que la copias como root al estar en la consola, o SSH o FTP.
4) EL SME server tiene ya instalado los servicios de PHP y MYSQL ?
Si, ambos. En algunos casos debes modificar un poco la configuración para que ciertos scripts se ejecuten, por ejemplo la restriccion open_basedir. Para ello revisa el wiki.
5) Hay alguna forma desde otro PC copiar la Pagina hasta el directorio de destino ?
Si claro. Desde la red con SSH o FTP. Tambien por SFTP.
6) Como habilito o deshabilito un servicio, por ejemplo No me intersa tener el servicio de FTP, Como lo deshabilito ?
Puedes hacerlo, pero no es muy simple para alguien que comienza, ya que algunos servicios dependen de otros. En particular el FTP no consume practicamnte recursos, no es significativo deshabilitarlo. Puedes inastalar una contribución que se llama SME7Admin y que te permitira dehabilitar los servicios a traves de una interface web via el server-manager
7) Hay alguna forma de personalizar las opciones del WEBMAIL, por ejemplo color , que opciones sean visibles o que pueda o no cambiar el usuario final ?
Si, el webmail esta basado en Horde (horde.org). Horde ya trae algunos temas instalados que puedes configurar desde las opciones dentro de tu propia cuenta.
Como consejo te reomiendo que comiences realizando tareas que conozcas como montar paginas web, o alguna similar, y no modificar el servidor hasta que tengas los conocimientos suficientes en que puedas realirarlo sin inconvenientes. Nuevamente, lee el manual, y si quieres interiorizarte mas en los aspectos de configuración del SME te recomiendo que leas la guia para desarrolladores de Gordon Rowell en
http://mirror.contribs.org/smeserver/contribs/gordonr/devguide/html/devguide.htmlDisfruta la nueva experiencia.