Wenn die Performance für die Anwendung extrem Wichtig ist, und man den Source Kode der Anwendung nicht auf Performance optimieren kann/will/darf, dann würde ich dir ein Gentoo 64 System als Basis raten, auf 64 Bit Hardware und optimiert holt man da, mit PHP5 und MySQL5, schon mal 200% an Steigerung des Ausführzeiten gegenüber einem 32 Bit System wie SME 7 raus.
Aber Achtung so ein Gentoo System komplett als Server aufzubauen kostet graue Haare en Mass
Wäre es statt Perl PHP, würde ich dir das ZendStudio ans Herz legen, mit dem kann man recht brauchbar Ablaufzeiten einzelner Programm Teile analysieren und so Schwachstellen (Performance Killer) im Kode finden.
PS: Versuch halt auch mal ein hdparm -t -T /dev/hdX etc. auf deine Laufwerke, vielleicht ist der Engpass ja auch eine Platte die nicht optimal ausgenutzt wird oder zu Langsam ist? Kann gerade bei S-ATA Platten (sdX) gern mal vorkommen, da da der hdparm, so scheint es, damit noch manchmal Probleme zu haben scheint.
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