Se il problema fosse il cavo probabilmente avresti dovuto settare manualmente a 100 il link, e comunque ethtool avrebbe mostrato la velocità del link a 100. Potrebbe essere un bug nel firmware dello switch. Lo switch è managed o unmanaged? Se managed, prova a verificare come rileva il link (100 o 1000) accedendovi. Inoltre posso consigliarti di provare un trasferimento dati da o verso il server e testare l'effettiva velocità della porta, avendo i risultati di questa prova sarà facilissimo trarne le conclusioni!