Ciao
Non saprei da dove tu abbia tratto questa conclusione ma l'estratto del file di di log (/var/clamd/clamscan.log) dimostra che viene controllato se non tutto il file system sicuramente le cartelle utenti e le ibays
----------- SCAN SUMMARY -----------
Known viruses: 1171100
Engine version: 0.97
Scanned directories: 48146
Scanned files: 219044
Infected files: 0
Data scanned: 206440.65 MB
Data read: 307919.20 MB (ratio 0.67:1)
Time: 46025.238 sec (767 m 5 s)
-------------------------------------------------------------------------------
/home/e-smith/files/ibays/pubblico/files/SoftonicDownloader_per_cmaptools.exe: Trojan.Tdss-7762 FOUND
/home/e-smith/files/ibays/pubblico/files/SoftonicDownloader_per_cmaptools.exe: moved to '/var/spool/clamav/quarantine/SoftonicDownloader_per_cmaptools.exe'
Tenere il filesystem pulito senza "topi morti" vaganti non è mai male: se rimane un file infetto in rete e per un qualunque motivo l'antivirus sul tuo desktop non funziona correttamente hai una barriera in più; un controllo settimanale alla domenica è più che sufficiente.
Quanto alle modalità di scansione, se non hai una implementazione di scansione real-time, e non è il caso di clamav, non è opportuno fare la scansione ad intervalli inferiori al giorno, e comunque se i file sono molti anche quello può diventare (molto) pesante (Vedi il log di cui sopra -> 767 m 5 s = più di 12 ore).
Infine i virus "annidati" nei file di lavoro ormai sono il minore dei problemi con il proliferare di rootkit, trojan e quant'altro che si annidano nei desktop oppure nei link contenuti nella posta.
Per la posta esiste già l'implemantazione del controllo AV e Antispam.
Ti può essere utile implementare dansguardian attivando il controllo antivirus per limitare le schifezze in arrivo dal web; devi poi configurare i pc per utilizzare il proxy e, ad esempio, forzare il tuo router ad accettare connessioni in uscita solo dal proxy.
Saluti
Nicola