In azienda ho lo stesso problema, c'è gente che si conserva mail a partire dal 2005 ...
Ho risolto creando cartelle allo stesso livello di "Posta in Arrivo" e suddividendoli per anni o argomenti, in questo caso ho colleghi che hanno posta che superano abbondantemente i 4 Gb.
Noi usiamo POP3 non so se con IMAP il comportamento è lo stesso, ma dovrebbe essere fattibile visto che è un problema di guardafuori e non solo, ho avuto problemi simii anche con Thunderbird, solo che quest'ultimo inizia ad avere problemi da 3-3,5 Gb.